La chiesa di San Francesco risale al XIV secolo ed è di stile gotico catalano, alcuni elementi architettonici sono stati aggiunti nel corso dei secoli.
La comunità francescana era presente in città già dal periodo della dominazione pisana, ma quando Iglesias, nel 1324, passò sotto il dominio aragonese, il re sostituì tutti i religiosi della città con altri di sua scelta e a lui favorevoli. I Frati Minori vennero in Città tra il 1320 e il 1330 per concessione del Papa Giovanni XXII, con la Bolla " Ex munere coelesti" e l'intervento del Re Giacomo II, il quale diede disposizioni all' Infante Alfonso e al Capitano di Villa di Chiesa Pietro De Libiano a favore dei Frati di San Francesco. Da allora i re d'Aragona provvedettero regolarmente sussidi ai frati.
Nel 1720 la Sardegna divenne dominio dei Savoia, i quali non vedevano di buon occhio le comunità religiose. Nel 1855 il convento di S.Francesco e tutti i beni della comunità furono presi in consegna dal delegato speciale Della Torre, i frati rimasero tuttavia nel convento, ma nel giorno di Natale del 1866 furono espulsi dalla loro abitazione in forza della Legge del 1855 ( Governo del Regno di Sardegna) e del 1865 (Regno d'Italia) di soppressione degli Ordini religiosi e subirono l'incameramento dei loro beni (conventi, chiese, terreni, case). Ricordiamo il P. Nicolò Locci, P. Stanislao Garau e P. Venerando Cannas,alla cui morte la Chiesa fu occupata dal Comune. Col Convento i Frati persero la Chiesa e i terreni circostanti il Convento, cioè sette orticelli che si trovavano dove oggi sorge la Scuola Elementare femminile. I beni di valore furono inventariati e sottratti dalla chiesa, compresi 1200 libri antichi, un'effigie della Madonna d'Itria e il retablo di Antioco Mainas, risalente al 1560 circa.  La chiesa rimase comunque aperta per le funzioni, che venivano celebrate da singoli frati, a cui fu consentito di restare in città per celebrare. Nel 1899 la chiesa di S.Francesco venne chiusa con regio decreto e fu affidata all'amministrazione comunale, gli ultimi arredi rimasti per le funzioni vennero confiscati.   La chiesa fu sconsacrata e si tentò di farne una palestra. Nel 1914 rischiò di essere abbattuta, ma il podestà Piga e alcuni sovrintendenti si batterono per salvarla. Poi divenne una caserma e nel 1918 ci costruirono un forno, inizialmente per cuocere il pane per i soldati, ma l'anno successivo il forno fu usato anche per produrre pane a basso costo per il popolo. Nel 1924 ci fu un restauro e nel '28 finalmente la chiesa fu riaperta al culto. Il ritorno dei Frati ad Iglesias è avvenuto il 25 aprile 1935. Essi erano P. Giuseppe Loddo di Cagliari e fra Luigi Meles di Nule. Furono ospiti del Vescovo e poi vissero in Via Baudi di Vesme fino al 18 novembre 1946.
Alla fine degli anni '80 ci fu un altro restauro. Negli anni '90, dopo una raccolta firme dei cittadini, i frati ottennero la restituzione del prezioso retablo del Mainas, che si trovava presso la Pinacoteca Nazionale di Cagliari.
A luglio del 2016 il convento viene chiuso e i frati trasferiti per disposizioni dell'Ordine, nonostante le tante raccolte di firme e con grande rammarico dei fedeli. La chiesa resta aperta al culto.